O Laboratório de microscopia do Centro de Ciências Agrárias foi aprovado no edital CT-INFRA/ PROINFRA 01/2007 MCT/FINEP e se encontra sobre a supervisão do Prof. Gildemberg Amorim. A estrutura conta com 100 m² constituída de uma sala para realização de cortes histológicos e preparações para análises microscópicas, gabinete para professor e o laboratório propriamente dito. Além da estrutura física, a FINEP financiou também a aquisição de um microscópio com objetiva invertida e um microscópio de fluorescência. Outros microscópios que se encontravam distribuídos em diversos laboratórios do CECA foram lotados no referido laboratório, que também consiste num importante espaço para realização de aulas práticas de algumas disciplinas do PPG em Proteção de Plantas.