O setor de cirurgia e anestesiologia veterinária está locado dentro do Hospital Veterinário, no bloco cirúrgico, e em conjunto com as instalações de internamento das clínicas médicas de pequenos e grandes animais. O bloco cirúrgico apresenta cerca de 200 m² e contem dois centros cirúrgicos para pequenos animais e um para grandes animais com sala de indução anestésica, além disso apresenta área de lavagem e esterilização, uma baia de internamento pós-cirúrgico imediato (grandes animais), sala de tricotomia e antissepsia de pequenos animais e anexos.